Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kabupaten Cirebon dipimpin oleh seorang Kepala Badan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah dibantu oleh 1 (satu) sekretaris yang membawahi 3 (tiga) sub bagian dan 4 (empat) bidang yang masing-masing membawahi 2 (dua) sub bidang dengan struktur organisasi sebagai berikut :
1. KEPALA BADAN
2. SEKRETARIAT
3. BIDANG PENGADAAN, PEMBERHENTIAN DAN INFORMASI
4. BIDANG MUTASI DAN KEPANGKATAN
5. BIDANG PENILAIAN KINERJA APARATUR DAN PENGHARGAAN
6. BIDANG PENGEMBANGAN KOPETENSI APARATUR